截至2004年，新疆有普通高等学校28所，其中本科院校11所，高等专科和高等职业技术学院17所；还有成人高校12所。全区高校培养的数以万计的毕业生已经成为开发建设新疆的一支重要力量。
　　（一）高等教育规模稳步扩大，与全国同步实现了由精英化教育向大众化教育阶段的历史性跨越。全区高校普通本、专科在校学生由1998年的4.6万人（含兵团1万人）增长到2004年的16.31万人（含兵团2.7万人），净增254.6%，在校研究生由747人（含兵团57人）增长到5120人（含兵团694人），净增585.4%。高等教育的毛入学率由1998年的8%提高到2004年的18.1%。全区高等教育发展的规模速度接近全国的平均水平。
　　（二）高等教育投入总量不断增加，办学条件有了极大的改善。据统计，1998年至2004年区属12所本、专科院校共完成基本建设投资20.33亿元，其中中央投资2.14亿元，占10.5%；地方财政投入1.44亿元，占7.1%；学校贷款、自筹16.75亿元，占82.4%。普通高校占地面积由13590亩增加到26692亩；校舍建筑面积由223万平方米（其中：生均教学行政用房16.44平方米）增加到559万平方米（其中：生均教学行政用房14.72平方米），年均增加56万平方米。
　　（三）加快学科调整建设力度，增强高校服务经济建设的能力。目前全区高校共开设本科专业137种，覆盖全国本科专业数的55%，开设专科专业240种。2003年确立了25个自治区级重点建设学科。新疆大学的两个学科被列为国家重点学科、四个实验室成为省部共建重点实验室。全区高校现有4个博士学位授权单位，15个博士点；9个硕士学位授权单位，210个硕士点。
　　（四）坚持教学科研相结合，稳步推进产、学、研一体化。1999年至2003年，区属高校成果中已被鉴定的达179项，获得国家和自治区奖励的优秀科技成果达146项；申请专利93件，其中已获得批准的达55件。科研成果转化为现实生产力的能力也大为提升，部分成果已取得了明显的经济效益和社会效益。
　　（五）深化分配制度改革，提高教师队伍的整体素质。全区普通高校研究生及以上学历的教师由1998年的851人增长到2003年的1552人，净增82%；教师中教授、副教授以上职称由2142人增长到3672人，净增71%。先后有400余名教师通过国家和地方两级公派到国外留学进修，其中85%以上已经回国，成为高校教学骨干。高校引入竞争机制推进用人、分配制度改革，多数高校制定了向一线教师倾斜的津贴制度，拉开了收入分配档次，学科带头人和骨干教师的收入有了一定程度的提高。
　　（六）坚持教育的公益性原则，关心资助贫困学生。从1995年起，自治区财政每年拨出1000万元作为助学金补助专款，其中80%用于资助农、林、师范和艰苦专业的学生，享受补助人数年均3万余人。从1996年开始，自治区财政每年拨出1500万元的专项资金，用于资助高校特困生完成学业，1998年以来累计拨付资金9000多万元，资助贫困学生9万多人次。2000年以来，累计发放国家助学贷款1850万元，受助学生3800人。从2002年开始，每年有400名品学兼优的学生享受国家奖学金。高校也积极开辟绿色通道，平均每年从学费收入中筹集资金2000余万元，用于资助困难学生。
　　（七）积极引导就业，强化就业导向。近年来，自治区各高校积极做好学生的就业辅导工作，并主动与用人单位联系，为学生就业创造良好的条件。2001－2003年，从就业率看，毕业研究生累计1153人，就业率分别达到100%、94%和93.4%；普通本、专科生累计毕业57133人，其中本科毕业生就业率分别为95%、85%和77%，专科毕业生就业率分别为80%、59%和70%。
　　（八）加强学校管理，确保高校稳定。面对高校规模扩大，学生人数日益增加的态势，各高校一手抓教学管理，一手抓高校稳定，加强爱国主义教育和反分裂教育，坚持教育与宗教相分离的原则，净化讲坛、清理教材、整顿教师队伍，维护了正常的教学秩序，为自治区大局的稳定做出了贡献。

 　　三、新疆高等教育发展的战略构想

　　为解决当前全区高等教育面临的突出问题，推进高校的健康发展，自治区决定从2005年起增加对高校的投入，在高校现有财政拨款基数的基础上新增1个亿，在2006－2009年，每年新增5000万元，五年间共计投入3个亿，以改善高校办学条件。到2009年左右全区高校生均财政拨款能够达到并超过西部省区的平均水平，并逐步解决高校贷款问题。同时高校实行按生均拨款的机制运行，以利高校的自我发展。
　　（一）坚持高等教育的发展与全区经济社会发展相适应，把握发展节奏，稳步推进，防止大起大落。全区正在实施以市场为导向的优势资源转换战略，加快产业结构调整，调优一产，调强二产，调大三产，力争全区国内生产总值年均增长速度达到8%以上，到2010年实现国内生产总值比2000年再翻一番。
　　坚持“巩固、深化、提高、发展”的方针，正确处理好数量规模扩大与提高质量效益关系；内涵发展与外延扩张关系；局部眼前与长远整体的关系；结构、学科调整与增加投入、改善条件等的关系，促进高等教育事业的全面协调、可持续发展。
　　首先，从发展速度上来讲，考虑财政承受能力和高校现有办学条件以及经济社会发展对人才的吸纳能力，把好招生的关口，适度放缓发展的速度，年度招生的增速将逐步下调到8%-10%左右，与全区国民经济保持大体相当、适度超前的增长速度，与全区国民经济保持同步协调发展。
　　其次，从规模上来看，全区普通高等教育的规模仍然低于全国的平均水平。从绝对规模来看，新疆人口占全国人口的1.52%，新疆普通高校在校生总数占全国普通高校在校生总数的1.23%；新疆普通高校在校生总数占全区人口的0.8%，而全国普通高校在校生总数占全国人口的1.37%；新疆高等教育的毛入学率为18.1%，而全国高等教育的毛入学率为19%。从相对规模来看，全国每万人口中普通高校在校大学生数为104人，而新疆为83人；全国每亿元国民生产总值承载的在校大学生数为116人，而新疆为76人。因此，新疆普通高等教育的规模扩张与自身发展的历史相比，实现了跨越式的发展，但是与全国平均水平相比，全区普通高等教育的发展规模仍然偏小，还有进一步发展的空间。当然新疆普通高等教育规模的扩大必须要考虑新疆经济社会发展的承载能力，并与高校办学条件的改善和毕业生的就业情况紧密相连。